А что за нативные методы (я всю жизнь embedded программированием занимался)
Имеются в виду P/Invoke вызовы функций, реализованных в платформенно-зависимых библиотеках.
http://en.wikipedia.org/wiki/Platform_Invocation_Servicesи с программированием под виндой не сильно знаком?

Из наиболее критического я там вижу только использование Thread, да и не вдавался в подробности того как реализован WebClient. Я просто ща многое там переписываю с нуля и мог бы это учесть.
CLR сама по себе с виндой связана постольку-поскольку, просто ее наиболее популярная и фактически референсная реализация сделана под семейство Windows NT. Вообще же CLR, компилятор C#, ассемблер и байт-код MSIL являются стандартами ISO и ECMA. Реализаций достаточно много (проекты dotGNU, Mono, Rotor и некоторые другие).
В поддержке некоторых из них принимают участие личности с активной гражданской позицией:

я всю жизнь embedded программированием занимался
Кстати, на тему Embedded... Mono можно
использовать на RaspberryPi и подобном железе. Хотя на контроллерах Mono не запустить, конечно.

Для контроллеров, возможно заинтересует .NET Micro Framework, он представляет собой реализацию CLR и окружения, работающую на голом железе.
Вот такой оффтоп вышел.
